Inspirados na tradição e no legado de seu fundador, Pe. Basile Moreau (1799-1873), a educação foi escolhida, pela Congregação de Santa Cruz, como área central da atuação formativa e evangelizadora, sob inspiração de Padre Moreau. Por assim conceberem-se as obras educacionais, não é possível separar, em seus âmbitos de atuação, as ações de caráter pedagógico daquelas de caráter pastoral, constituindo-se, portanto, escolas em pastoral.
De modo convergente e coerente, missão educativa enfatiza a promoção da educação integral, formando cidadãos éticos, verdadeiramente solidários e conscientes de suas responsabilidades sociais, além de compromissados com uma atuação que contribua para a transformação social em vista de um mundo mais justo e sustentável.
Para isso, o Projeto Pedagógico Pastoral desenvolve, tanto no âmbito da reflexão quanto da ação, os valores a serem incorporados pelos educandos em seu processo de formação. Dessa forma, é possível conscientizá-los da necessidade da atuação transformadora na construção de uma sociedade melhor e garantir que os valores cristãos de cuidado, respeito e amor estejam presentes nos ambientes educativos.
Para isso, busca-se incentivar o diálogo entre educandos e educadores de Santa Cruz. Essa conversa é diferenciada por ações afirmativas que revelam o respeito e a tolerância às diferenças, a valorização da unidade na diversidade, o reconhecimento do mérito da liberdade e da autonomia responsável na condução dos atos humanos.
A Congregação, sendo uma Entidade Filantrópica certificada pelo MEC, recebe a Certificação de Entidades Beneficentes de Assistência Social (CEBAS). Por meio dela, a Congregação participa do Programa de Bolsa de Estudos, concedendo bolsas de estudo nos segmentos da educação infantil, ensino regular, ensino técnico e educação de jovens e adultos.